檢視光敏素對種子發芽率影響的原始碼

<font size="6">光敏素對種子發芽率影響</font>
<s4e>
pid=194
show=原始設計者;簡介
</s4e>
<div style="float:left;">
<font color="red" size="5">探討光敏素 Pr、Pfr對好光性植物種子萌發的關係。
<br></font><br>

<br><br>
</div>

<div style="float: right; border:black 1px solid;">
<font color="blue">實驗材料: </font>
:*苜蓿芽種子 20粒
:*培養盤 4個
:*厚紙巾 4張
:*水 適量
:*鋁箔 8張
:*手電筒 2個
:*紅色透明玻璃紙 2張
:*藍色透明玻璃紙 4張
:*綠色透明玻璃紙 1張
:*紅色透明玻璃紙 2張





</div>

==1.現象說明： ==


1.光敏素（phytochrome）
<table border="1">
　植物細胞中含量稀少的藍綠色素，成分為蛋白質，分為鈍化型（proteinred, Pr）和活化型（proteinfar-red, Pfr）兩種型態，分別吸收紅光和遠紅光而互相轉換。植物主要透過光敏素接收外界光的信號來調節本身的生長、發育和開花。過去知道在晚上，Pfr構形的光敏素會慢慢回到Pr構形；這個過程稱為黑暗回復（dark reversion）

　
　<img style="width:500px;" src='https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/2/24/Phytochrome_Pr_Pfr.png'/>
　

</table>
<br>
2.光敏素的作用
<br>
*2.1光週期性植物的開花誘導
<br>
:*Pfr < Pr  促進短日照；抑制長日照
<br>
:*Pfr > Pr  抑制短日照；促進長日照
<br>
*2.2	種子的萌發
<br>
:*Pfr  促進感光性種子萌發
<br>
:*Pr   抑制感光性種子萌發
<br>
*2.3	幼苗的生長
<br>
:*Pfr促進葉綠素、胡蘿蔔素、花青素合成；葉綠體的形成；子葉、葉、莖的生長


<br><br>

==2.探究問題：（此為引導，學習者必須要提出合理的假說） ==

*2.1 光線是如何影響種子的發芽？
*2.2 好光性植物種子除了苜蓿芽還有哪些植物？有哪些是厭光性種子？
*2.3 有沒有哪一組的操作能夠證明光敏素(Pr、Pfr)具有可逆性？請說明

<br><br>


==3.實作項目 ==

*1.萃取DNA
:*1.	取10粒米切取胚芽部分放入研缽。
加BashingBead buffer 750 ul研磨。(打破細胞)
:*2.	移入BashingBead tube。
加Proteinase K 1 ul。(分解蛋白質)<br>
65 ℃ 水浴 10 min。<br>
10,000 rpm 離心 1 min。(移除雜質)
:*3.	取上清液500 ul加入III-F filter+ collection tube。<br>
8,000 rpm 離心 1 min。(過濾雜質)
:*4.	移除III-F filter。
:*5.	在collection tube中，加入Lysis buffer 1500 ul。(打開DNA＋準備Binding)<br>
和過濾液充分混合。
:*6.	取混合液 800 ul。(DNA Binding在膜上)<br>
加入II-C column+ collection tube。<br>
10,000 rpm 離心 1 min。
:*7.	倒掉濾液。<br>
重複step 6兩次。
:*8.	把II-C column移至新的collection tube。<br>
加入Pre-wash buffer 200 ul。(去除糖類、蛋白質)<br>
10,000 rpm 離心 1 min。
:*9.	倒掉濾液。<br>
加入Wash buffer 500 ul。(去除糖類、蛋白質)<br>
10,000 rpm 離心 1 min。
:*10.	把II-C column移至新的eppendorf。
加入Elution buffer 20 ul。(回溶DNA)<br>
10,000 rpm 離心 30 sec。
:*11.	取HRC-filter+ collection tube。<br>
加入Prep solution 600 ul。<br>
8,000 rpm 離心 3 min。
:*12.	把HRC-filter移至新的eppendorf。(去除酚類)<br>
加入剛剛Elute的DNA 20 ul。<br>
15,000 rpm 離心 3 min。
:*13.	標上組別， -20 ℃保存。

:*14.	測DNA濃度(NanoDrop)

:*15.	跑2%電泳


*跑PCR
:*1.	PCR 試劑配置-四要素<br>
<img style="width:500px;" src='https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/f1/PCR%E8%A9%A6%E5%8A%91.png/800px-PCR%E8%A9%A6%E5%8A%91.png'/>
<br>Taq polymerase最適合的extension溫度是72℃

*2.	PCR 試劑配置<br>
<img style="width:500px;" src='https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/ca/Pcr%E8%A9%A6%E5%8A%91%E9%85%8D%E7%BD%AE.png/800px-Pcr%E8%A9%A6%E5%8A%91%E9%85%8D%E7%BD%AE.png'/>

*3.	PCR 條件
<br>
<img style="width:500px;" src='https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/cd/Pcr%E6%A2%9D%E4%BB%B6.png/800px-Pcr%E6%A2%9D%E4%BB%B6.png'/>

<br>
<img style="width:500px;" src='https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/1f/PCR%E6%BA%AB%E5%BA%A6.png'/>

*4.	電泳跑膠
<br>
<img style="width:500px;" src='https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/aa/%E9%9B%BB%E6%B3%B3%E8%86%A0.png/800px-%E9%9B%BB%E6%B3%B3%E8%86%A0.png'/>






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==4.分析與結論 ==

*4.1 從萃取DNA膠圖中判斷是否有抽出DNA。
*4.2 從PCR膠圖中判斷樣本是BAD2基因是否正常，並判斷是否與預期結果相同。
*4.3 若PCR膠圖有585bp和355bp兩條bands，則代表此為純品系一般米DNA；若膠圖中有577bp和257bp兩條bands，則為純品系香米DNA；若同時具有585bp、355bp和257bp，則為異型合子的一般米。




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==5.教學目標與評量 ==

*5.1	了解香米具有香氣的原因是由於BAD2的缺損。
*5.2	能熟悉DNA萃取的操作方式。
*5.3	能從Nano drop的結果判斷DNA品質好壞。
*5.4	熟悉PCR和電泳的操作方式。
*5.5	能從PCR膠圖判斷樣品的種類。





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==6.參考資料： ==
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==7.參考說明： ==
<br>
*萃取DNA膠圖<br>
<img style="height:350px;" src='https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/6a/%E8%90%83%E5%8F%96DNA%E8%86%A0%E5%9C%96.png'/>
*PCR膠圖
<img style="height:500px;" src='https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/7/72/PCR%E8%86%A0%E5%9C%96.png/800px-PCR%E8%86%A0%E5%9C%96.png'/>