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分級方式
根據疾管署公布的「應變指揮體系啟動/應變策略之應變作為與疾病管制署分工表」，疫情指揮中心共分四級開設，一至四級的的指揮體系與應變作為都不一樣。
四級疫情的詳細內容
新冠肺炎 防疫等級提升過程
中國在武漢地區出現肺炎疫情時，當時防疫等級為第四級，疾管署內部僅成立應變小組。不過，中國武漢地區發生社區傳染後，疫情升級為第三級，開設中央流行疫情指揮中心，並由疫管署署長周志浩擔任指揮官。
中國武漢1月23日封城，我國防疫等級升級至二級，中央流行疫情指揮中心的主責單位由疾管署提升至衛福部，由陳時中擔任指揮官。此後，台灣內部出現家庭感染，甚至無法掌握感染源，27日再提上為第一級。
第一級開設後，疫情指揮中心有權限可徵用醫院隔離收治，在各部會的一級應變措施中，也包含配合中央，協調軍力支援、警力維護，以及新藥及緊急用藥可以快速進出口等措施，都是二級開設時未有的應變作為，加速防疫。
二級開設v.s.一級開設
在二級開設階段，衛福部要協調並指揮各部會投入防疫，由於部會之間是平行單位，確實是比較吃力，但提升為一級開設後，情況就大不相同，各部會的協調與資源整合將獲得強化，一級開設更讓包括地方政府在內的官員感受到中央以最高層級投入防疫，要進行超前部署，這同時也能強化中央疫情指揮中心與各縣市政府的協調。
我國疫情等級與世界衛生組織分級對照
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